Keski-Satakunnan sosiaali- ja terveydenhuollon kuntayhtymän johtaminen perustuu kuntayhtymän perussopimukseen, hallinto- ja toimintasääntöön, talousarvioon ja toimintasuunnitelmaan sekä yhtymävaltuustoon ja -hallituksen päätöksiin.
Keski-Satakunnan sosiaali- ja terveydenhuollon kuntayhtymän ylin päätösvalta on yhtymävaltuustolla, johon jäsenkuntien kunnanvaltuustot valitsevat jäsenet. Yhtymävaltuusto vastaa kuntayhtymän toiminnasta ja taloudesta.
Yhtymävaltuusto valitsee toimikaudekseen yhtymähallituksen. Yhtymähallituksen tehtävänä on johtaa kuntayhtymän toimintaa, hallintoa ja taloutta sekä valvoa kuntayhtymän etua. Yhtymähallitus keskittyy erityisesti kuntayhtymän strategisten tavoitteiden toteuttamiseen. Yhtymähallituksen alaisena kuntayhtymän operatiivisena johtajana toimii kuntayhtymän johtaja, Hanna-Leena Markki.
Yhtymähallituksen ja kuntayhtymän johtajan alaisuudessa toimivat palvelualuejohtajat, jotka vastaavat palvelualueensa toiminnasta, taloudesta ja henkilöstöstä sekä johtavat ja kehittävät toimintaa.
Päätöksentekoa ja hallintoa on määritelty tarkemmin kuntayhtymän hallintosäännössä.
